我校组建后，坚持“质量立校、科研强校、人才兴校”,凝炼学科方向、汇聚学科队伍、构筑学科基地，对原有学科专业逐步进行了布局和结构调整，人员进行了重新组合，学科专业结构得到了优化。目前，学校共设置32个本科专业，涵盖了经济学、法学、文学、理学、工学、医学、管理学等七大学科门类，初步形成了多学科相互支撑、协调发展的学科专业体系。
    2002年底，学校启动了重点学科建设，首批产生了8个重点建设学科。2004年下半年，我校积极参与省高校第五批重点学科申报工作，并增补了4个校级重点建设学科。目前，我校有基础数学和区域经济学2个省级重点学科（B类）、10个校级重点建设学科，分别是：企业管理学、机械制造及其自动化、会计学、应用化学、中国现当代文学、马克思主义理论与思想政治教育、统计学、纺织材料与纺织品设计、国际贸易学、结构工程。
    近年来学校先后制定了《2003~2005年学科建设规划》、《嘉兴学院“十一五”学科建设规划》。 2004年4月，学校召开了第一次学科建设工作会议，出台了《关于加强我校学科建设的若干意见》等指导性文件，在全校教职工中统一了思想，形成了共识。
    学校每年邀请省教育厅、浙江工商大学、浙江理工大学、浙江师范大学等有关单位专家、领导组成评估小组对我校各重点学科进行年度检查评估，并对每个学科出具书面反馈意见，肯定成绩，指出不足，提出改进和提高的意见。今年初还对第一轮建设周期已满的6个校级重点建设学科进行了终期考核评估。
    根据“十一五”学科建设规划目标，未来五年我校将进一步整合学科资源，调整学科布局，优化学科结构，统筹学科发展；紧紧抓住长三角经济社会协调发展和高等教育持续发展的战略机遇，紧紧围绕迎评、申硕和创办嘉兴大学三大发展目标，以支撑专业建设、提升教学水平、增强创新能力、服务地方发展为目标，以应用性学科为重点，注重学科的交叉和融合，优先发展机械制造及其自动化、纺织材料与纺织品设计、应用化学、企业管理学、区域经济学、基础数学等六个重点学科；充分发挥学科建设的龙头作用，进一步促进学科建设与专业建设的互动发展，做强经管，做大工科，做精医科，做优文理，提升学科竞争力；着力构建省级重点学科、校级重点学科、校级重点扶持学科三个层次的学科体系，为创建嘉兴大学奠定坚实的学科基础。